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1、托帕成分不同。石和水晶托帕石矿物学名叫做黄玉或黄晶，托帕属于硅酸盐与硅酸盐矿物，石和水晶是托帕在岩浆结晶过程的最后阶段所散发出来的含氟蒸汽形成的。而水晶属于石英族，石和水晶主要成分是托帕二氧化硅。水晶的石和水晶形成条件很苛刻，含有二氧化硅的托帕饱和液，经地壳运动遇到高温高压，石和水晶使热液中的托帕二氧化硅融化，后又逐渐冷却凝结，石和水晶在一定的托帕空间和时间内慢慢长成水晶。托帕石是石和水晶黄玉，而水晶是托帕石英，所以它们是两种不同的矿物。

2、物理特性不。托帕石密度约为3.53g/cm3，摩氏硬度是8，双折射率为0.008-0.010，色散0.014，多色性依体色不同而不同，一般情况下，托帕石晶体颜色比较一致。水晶密度约为2.66g/cm3，摩氏硬度是7，双折射率0.009，色散0.013.无色水晶没有多色性，有色水晶有弱到强的多色性，表现为晶体上颜色的深浅。水晶的颜色比较多，有无色、紫色、黄色、粉红色、绿色、黑色等，其中无色、紫色、粉色比较多。

3、比重不同。托帕石的光泽会比水晶亮点，比重也比水晶重比水晶大，同样的规格托帕石会比较重些。从硬度上看水晶的硬度比托帕石小，如果用水晶划托帕石的话，水晶会有损伤。

4、产地不同。水晶主要出产地有中国的江苏东海、巴西、乌拉圭、俄罗斯的乌拉尔山、印度、尼泊尔马达加斯加、美国和墨西哥。托帕石主要产地为是巴西、斯里兰卡和美国。新疆准格尔盆地周边、吐鲁番盆地周边。

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